王室的控制
國王約翰三世決定用一個統一的、中央集權政府取代領主低效率的統治。為了加強王室的控制,他任命在印度有豐富經驗的一個葡萄牙貴族索薩(Tome de Sousa)為巴西總督。他在1549年就任,為殖民地建都巴伊亞(薩爾瓦多),在此後214年中幾屆總督在這裡進行治理。在封地上派駐對總督負責的當地官員,沿海岸一帶建立戰略要塞。在城市中建立與葡萄牙類似的市區機構。這時巴西開始吸引越來越多的移民。到1600年,巴伊亞和伯南布哥(累西腓)各有2,000名白人,非洲黑人奴隸和改變信仰的印第安人的人數則是其兩倍以上。
耶穌會傳教士的辛勤工作在該殖民地的進步中起了重大作用,他們把畢生貢獻於保護印第安人,使他們改變信仰,以及提高殖民者的道義水準。印第安人改變信仰後,立即在村莊中,或與西屬美洲中的傳教所相似的阿爾戴亞斯(aldeias)中定居,耶穌會控制了有價值的勞力供應,惹怒了殖民者,他們奴役印第安人是毫不猶豫的。耶穌會會員和殖民者之間在控制印第安人問題上的爭執在殖民地各處引起反響,雙方均向王室求助。1574年頒布的王室法令允許耶穌會會員完全控制阿爾戴亞斯中的印第安人,同時允許殖民者把在合法戰爭中俘獲的印第安人當作奴隸,耶穌會會員算是贏得了部分的勝利。由於對印第安人的勞力規定了限制,遂促使引入非洲黑人奴隸,在16世紀中葉以後,這種活動日益增多。