崇禎二年（公元1629）六月初五，薊遼督師袁崇煥來到雙島，將東江鎮總兵毛文龍擒住，並以尚方寶劍將他處死。也在這一年，後金大軍打到北京城下，備受崇禎帝猜忌的袁崇煥被捕，第二年被凌遲處死。在處死袁崇煥的罪名上，說他專戮大帥，擅自殺死毛文龍，且與後金勾結。由於明末歷史記載太混亂，恩怨糾葛複雜。引來後世多番解讀，嘗試勾劃最接近真實的歷史。
《抗倭圖卷》中的明代軍隊
在清代滅亡後，歷史學家整理清朝內閣檔案時，發現幾件書信塵封已久。書信現存六封，是毛文龍寫給皇太極，原件現存於台北中央研究院歷史語言研究所。這六封書信，讓後人了解到，毛文龍與後金暗中勾結，甚至想投降後金。那麼，毛文龍為何會有這樣的動機？
毛文龍是浙江杭州人，萬曆末年參加武舉，「列名第六」，被任命為安山百戶。明朝與後金的戰爭爆發，明軍屢戰屢戰，毛文龍進駐鴨綠江口的皮島，召集流民，建立東江鎮。毛文龍不斷率軍襲擾後金的後方，據當時袁可立《奏毛帥屢獲奇捷疏》載：「前後大小三十餘戰，斬首共一千九十七級數逾，上捷者共五次，總獲器械、弓箭等件共五萬」。
《抗倭圖卷》中的明代軍隊
明朝方面也對毛文龍加官進爵，官至左都督。崇禎元年，袁崇煥被任命為薊遼督師，他在第二年就誅殺了毛文龍，對此清朝方面記載道：「文龍欲與我國相好，屢遣使送書」，「後寧遠經略袁崇煥，以文龍與滿洲私通，殺之」。從清朝記錄看來，毛文龍之死，主因為勾結當時的後金。
據了解，早在努爾哈赤統治末期，毛文龍就與後金有書信往來。皇太極即位後，雙方書信往來更頻繁。對於雙方的往來，明朝也許不知，朝鮮方面就非常清楚，朝鮮大臣鄭忠信曾說：「（毛文龍）潛通於虜」。
《抗倭圖卷》中的明代軍隊
崇禎帝即位後，任用東林黨人士，打擊閹黨勢力。有分析認為，對於毛文龍來說，因他曾經巴結魏忠賢，所以情況十分不妙，於是毛文龍再度想起後金。毛文龍在給皇太極的書信中建議：「若是你取山海關，我取山東，兩方夾擊，則大事頓成矣」。特別是在毛文龍被殺前的三個月中，已經感到危機的毛文龍，先後五次致書後金。
不過此時發生了一件事，清朝使者誤上了明朝戶部發放糧餉的船，結果被逮到北京，暴露了雙方的關係，同時毛文龍也因此得罪了後金。雖然事後，毛文龍不斷寫信解釋這件事，但皇太極顯然十分生氣，懷疑毛文龍的「欲降之心」。毛文龍對此寫信解釋說，第一自己沒有為後金建立功業；第二明朝正在議和，害怕自己將來被遣返。
清太宗崇德皇帝 (皇太極) 朝服像
就在毛文龍與皇太極書信往來時，他們的動向已經被朝廷察知。掌握朝廷大權的是東林黨，他們自然不會放過閹黨餘孽的毛文龍，於是袁崇煥親自來到雙島，以閱兵為名，召毛文龍前來，然後將其誅殺。
毛文龍因為私通後金，被袁崇煥殺死有餘辜，這一方面的說法有後世支持，其中有近代明清史專家吳晗及閻崇年等。不過，在學術界中，亦有部分人認為毛文龍功大於過，他的死是含冤而死的，這一派的觀點認為，所謂「私通後金」，是毛文龍誘敵之計，已事先奏明朝廷，持這一觀點的代表，有湖南師範大學教授鄭憲春、吉林大學教授孟昭信以及中國人民大學博士生導師毛佩琦等。
