反日活動早於九一八事變開始，為了對日本的侵略表示不滿，已有香港市民組織罷買日本貨物，很多在1910年代關閉的工會再次成立，市民再度激起愛國護家的情緒。在日治期間，香港華籍市民的反日活動仍無間斷，變成了地下活動。
港九大隊廣東人民抗日游擊隊港九大隊（簡稱港九大隊）由中國共產黨屬下廣東人民抗日游擊隊的一個游擊隊，於1940年9月建立，加強在東江及珠江三角洲一帶的反日勢力。分隊由新界居民子弟組成的游擊隊，成員包括農民、學生和海員，主要於新界西貢活動。
港九大隊由中國共產黨黨員曾生領導，在1941年日軍進攻香港時，游擊隊從200人擴展到超過6,000位成員。在英軍撤退後，游擊隊員獲取被英軍摒棄的武器，並在新界及九龍建立基地，在西貢墟建立地下聯絡系統。而第三個和第五個分支在蔡國樑之下，被派遣到香港和九龍，由隊長黃冠芳和副隊長劉黑仔帶領，統領香港及九龍的抗日武裝鬥爭，並讓中國獲取日本對華南、台灣和東南亞的機密戰略。大隊屬下有短槍隊和幾個區中隊，游擊隊員竭力攻擊強盜和日軍，保障農作物及人命安全。
1942年4月，游擊隊員加強了對大嶼山的控制，強化與澳門和廣州的通信。1943年12月2日，「廣東人民抗日游擊隊」改編為「廣東人民抗日游擊隊東江縱隊」，簡稱為「東江縱隊」，而港九大隊仍是它下轄的一個分隊。
港九大隊在拯救英國和外國人上亦扮演了重要角色，共有20名英國人、54名印度人、8名美國人、3名丹麥人、2名挪威人、1名蘇聯人，和1名菲律賓人獲拯救，包括被囚的賴特上校等英軍官兵及美軍飛行員。港九大隊亦幫助破壞日本在香港的軍事據點，和促進了在中國、英國和美國人之間友誼。
另一方面，在使用游擊戰的常規戰術下，港九大隊殺死了一些漢奸和其同黨，在九龍和廣州保護貿易商人，攻擊大埔的警察局，並轟炸啟德機場。另外，游擊隊員亦協助營救戰俘，包括著名的賴廉士爵士、祈德尊爵士、王國棟教授和David Bosanquet。游擊隊員對盟軍最重大的貢獻，是搶救了20名飛機被日軍擊落而跳傘到九龍的美國飛行員。
英軍服務團英軍服務團（British Army Aid Group）由原香港大學教授賴廉士上校（Lindsay T. Ride）組建，負責收集日軍情報、接送重要人物潛出或進入香港。成員包括戰後新界理民官何禮文及戰前擔任華民政務司的麥道軻等。1942年7月，英軍根據賴廉士上校的建議組成這個援助小組。1941年12月底，所有英國人被送入了香港的戰俘營時，賴廉士上校成功逃脫並到達重慶。其後，他將英軍服務團的總部設於桂林，並視廣西為華南的前線基地。他們的貢獻主要從戰俘營中協助戰俘逃脫，並走私藥物和其他必需品進出戰俘營，亦組織了智囊團。過程中，英軍服務團獲得東江縱隊積極合作和保護。
盟軍轟炸日治期間，英國政府允許盟軍轟炸香港，因此一直有盟軍戰機空襲香港的日軍據點，但間中誤中民居，造成傷亡。其中最嚴重一次是誤中紅磡一所正在上課的小學，幾乎所有師生死亡。灣仔區的民居也經常被誤炸炸中。然而根據香港作家小思在《香港的憂鬱》一書的記載，香港市民一般都不反對盟軍轟炸。
