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明末任參將，礦徒出身，曾是遼東海盜，後投效毛文龍，與尚可喜被稱為「山東三礦徒」，毛文龍後為袁崇煥所殺，其舊部由副將陳繼盛統轄，不久，參將劉興治在皮島叛亂，殺陳繼盛等十餘人，總兵黃龍隨即赴皮島鎮壓。天聰七年（1633年），孔有德、耿仲明不服黃龍統轄，率部來投登萊巡撫孫元化。
崇禎四年（1631年）八月，皇太極率清兵攻大淩河城（今遼寧錦縣），祖大壽圍於城內。孫元化急令孔有德以八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足，士兵搶劫嘩變。孔有德在登州發動吳橋兵變，自號都元帥，孫元化忠於朝廷不願稱王，孔有德放他逃離登州。明朝派兵鎮壓後，投降後金。
崇德元年（1636年），受封恭順王，出征朝鮮、錦州、松山等地。入關後，隨多鐸追剿叛明武裝力量，鎮壓了江南各地的抗清鬥爭。順治三年（1646年）授平南大將軍，進攻南明永曆政權。五年，改封定南王，出征廣西。九年，被李定國圍困在桂林，兵敗自殺，其妻白氏自縊。顧炎武聞訊有詩雲：「廿載吳橋賊，於今伏斧砧。國威方一震，兵勢已遙臨。張楚三軍令，尊週四海心。書生籌往略，不覺淚痕深。」有德之子孔庭訓幾年後由李定國下令處斬，朝廷破格予以厚葬。
孔有德的屍體被李定國焚骨揚灰，清廷為孔有德建衣冠塚