清代的教育制度，完全採取明朝的辦法，學校和科舉相輔而行。在京畿有「國子監」、「宗學」、「旗學」。「國子監」的性質，一方面是國家最高的學校行政機關，一方面為大學生讀書的處所。「宗學」又分「宗學」和「覺羅學」二種，清廷貴冑學校以此二種為最高。「旗學」一類的學校，種類很多，有設在京師的，有設在滿、蒙等處的，其中大小繁簡也不一致，大抵為滿、蒙八旗和漢軍八旗子弟讀書的地方。
以上「宗學」和「旗學」成為一種特殊系統，多不屬於「國子監」管轄。
國子監
「國子監」的學生以「貢生」和「監生」為主。其編製仍沿襲明代，分為「率性」、「修道」、「誠心」、「正義」、「崇志」和「廣業」六堂。每堂設學正、助教各一人，擔任教課事宜。
課程方面，則仿照宋胡安定的辦法，分「經義」和「治事」二科：「經義科」以御纂經說為主要教材，兼教諸家的學術；「治事科」教兵刑、天官、河渠、樂律一類的材料。
總之，清代的「國子監」，在規章和組織方面，大多沿襲明朝的遺制；但其中有一點不同的，即明代的成例，學生須居住監中，清代則打破此例，准許學生在其寓所肄業，甚至在原籍肄業（見《清通考》）。似乎其教育精神已不如前朝嚴格了。
地方學校
清代地方行政在中國內部為省、道、府或州、縣四級。但學校的區劃，只有府州和縣兩級，而省和道二級則不設學校。在府稱「府學」，在州稱「州學」，在縣稱「縣學」，凡州、府、縣三學，統稱「儒學」，為國家教育最低級學校，亦為最基本的一級，全國各地共有一千七百餘所。由此出身的，可以住書院；可以升太學；可以應鄉試。
地方教育行政，各省設提學使，管理各該省學政事務，三年一任。各府設教授、訓導；州設學正、訓導；縣設教諭。
入學的生員須身家清白，並須經過三次考試：第一次由本縣長官主持；第二次由府或州長官主持；第三次由學正主持。由學正考取以後，才有入學的資格，俗稱「秀才」。
諸生自初次考取以後，雖名曰入學，實際上並不留在「儒學」內肄業，只不過於相當時期來應應考課就是了。此項考課，分為兩種：一為「歲考」，每年舉行一次；一為「科考」，間歲舉行一次。皆由京師所派的學正主持。
其它學校
清代的學校，除以上京畿「國子監」和地方各「儒學」以外，還有其他幾種特殊學校。此類學校，顧名思義，誰都可以一望而知其為宗室貴族子弟讀書的處所。但因清室皇族姓覺羅氏，故設有「覺羅學」，乃貴族中的貴族子弟肄業之所。
◎宗學──此學在順治九年（西元1652年）開辦，到了雍正二年（西元1724年），才有較為詳細的學制。凡親王、貝勒、貝子、公、將軍和閒散宗室子弟，如年在十歲以上十八歲以下，皆可以送進去讀書。
校址在京師左右兩翼官房，每翼立一「滿學」，一「漢學」，共有「宗學」四所。每學派王公一人為總管，其下設正教長一人，教長八人，皆以宗室中行輩較尊和年長的充任。再下設教習若干人，擔任教課事宜。修業以三年為期，期滿及格，分別引見皇帝錄用。此「學」屬於宗人府，一切獎懲大權，皆由該府執行。
◎覺羅學──最初只有「宗學」，皇族子孫一律和其他宗室子孫同入一「學」。後來以皇族子孫逐年增加，勢難兼容，乃於雍正七年（西元1729年），於「宗學」外，又創辦一種專為皇族子孫讀書的「覺羅學」。生員入學的年齡，和宗學大致相同。
◎旗學──即「八旗學校」，名目很多：
八旗官學──京師八旗分為四處，每處設官學一所，專教親貴以外的八旗子弟，創辦於順治元年（西元1644年）。到康熙時才規定生員名額，滿州、蒙古各四十名，漢軍生員由四十名減為二十名。此學屬於「國子監」管轄，故每十日須赴「監」考課一次。雍正二年（西元1724年），於本學外，又添設「八旗蒙古官學」，每旗設立一所，專教蒙古語言。
八旗學堂──本「學」近於半官立性質，為八旗貧苦子弟讀書的處所。
八旗義學、景山官學、鹹安宮官學──此類學校創辦的宗旨，大致和「宗學」相同。內設滿、漢教習若干人，以進士、舉人和各地方學校選拔出來的各類優秀「貢生」充任。生員修業期間三年，期滿得分別錄用。
◎算法館──這是清代研究自然科學的唯一學校，隸屬「國子監」。
◎俄羅斯學館──此「學」也隸屬「國子監」，專教「俄羅斯」子弟的。清代外國派遣學生前來我國留學的，據典章所載，有琉球、安南、朝鮮等國。俄羅斯設立一「學」，專教他們的學生。由此亦可見清初時，中俄兩國關係的密切了。
書院
書院在清代初年，並不很注重，到了中葉以後，才逐漸注意起來。不過本期「書院」的性質，和以前的不同：
在宋、元、明三代，「書院」多由名儒學者私人設立，朝廷不過從旁加以獎勵和維護；在清代，則完全成為官立的教育機構。乾隆元年（西元1736年），下詔各省整飭「書院」說：「『書院』之制，所以導進人才，廣學校所不及。……國子監雖設於京，而道裡遼遠，四方之士，不能胥會，則書院即古侯國之學也。」
當時的書院，似相當於省立高等學校或大學，但書院不給學位。當初一省往往有數所之多，於是有「省書院」和「道書院」等名目。其所聘教習，皆地方的名儒學者，平日有官課、有私課，辦理較為認真，而成績亦日著。於是各府、州、縣學的學生，皆願進「書院」讀書，因而「書院」已成為教育士子的學校，使原有的地方「儒學」名存實亡。
