面對義和團，將自己定位是與官方合作，令清政府處境兩難。
回顧晚清的歷史，義和團運動和八國聯軍侵華，兩件大事讓人痛心唏噓。後世難免有這樣假設：如果慈禧果斷剿滅義和團，必定不會誘發八國聯軍侵入北京，更不會有喪權辱國的《辛丑條約》。
八國聯軍侵佔北京後，在北京舉行閱兵儀式
歷史雖然沒有如果，然而，慈禧在現實上，不容許她向義和團下狠手。在1900年6月21日，她正式向列強宣戰前，均在剿撫之間游移，是現實環境制約了她。其中一個焦點就是義和團的口號及立場。
當年，列強在清朝的勢力越來越強，不斷攫取利權。面對來華的傳教士和中國教民強勢，清政府在處理百姓與傳教士、教民的糾紛時，往往犧牲百姓利益偏袒傳教士和教民。
慈禧穿著珍珠雲肩，與外國公使夫人合照
山東、直隸等地百姓，也可能因華北旱災的催化下，最先表達不滿，起而行動，打殺傳教士和教民，進而仇視一切洋人和鐵路、電線等舶來品。然而，歷年來的起事，矛頭都會直指政府當局，希望將之推翻。但這次完全不同，義和團成員是要打擊侵略中國的洋人，幫助清廷穩固統治－「扶清滅洋」－義和團將自己定位與官方合作，而非敵對。
從現代的眼光看，義和團是帶著民族主義情懷，只是裹挾著愚昧和盲目排外的心理。如果慈禧痛下決心，強力鎮壓義和團運動，那麼局面將會如何？它再不是官府「合作者」，而是「反叛者」，他們很大可能會調轉槍頭對著清政府，這樣，一場排外運動就變成內亂，令清廷處境更加艱難。
義和團
慈禧心知義和團「刀槍不入」神功未必可信，但也不能旗幟鮮明的，以武力平定義和團運動，而要「以撫為主」，但不打擊義和團，就無法安撫各國公使，無法阻止他們的軍事行動，慈禧也不敢去得罪這些洋人。所以，她又不得不下一些限制義和團的諭旨，派一派兵鎮壓、遣散團眾。
1900年5月29及30日，慈禧連發兩道諭旨，充分表現她兩難：第一，「若不迅速籌辦，何以禁邪慝而淨根株！」，意思是指，義和團殺人放火與亂民何異？語氣嚴厲。第二意思上是指：義和團殺人放火，是因為混入「游勇會匪」，要求地方官員處置時區別對待，「嚴拿首要，解散脅從」。這是一種模棱兩可、兩面討好的策略。
當然，結果也令外國列強十分不滿，義和團也繼續發展。不過，慈禧到了6月21日為何突然大變，公開義和團的合法地位？這也是形勢有了新發展，逼她做出的選擇。
慈禧
當時，義和團已經迅速做大，遍布京城大街小巷，清軍也被廣泛滲透，無力鎮壓。慈禧加以招安利用，順勢利導，將他們推向對外戰場，也是意料中的事。另一方面，早於6月19日，慈禧得到報告指，八國聯軍不顧清政府關切，要求中國守軍交出大沽砲台（事實上，慈禧收到報告時，聯軍已佔領了大沽砲台）。大沽砲台丟失，令天津更危，北京也喪失重要屏障。慈禧認為聯軍咄咄逼人，碾壓她的底線，有必要回擊。所以，也成為她發布宣戰詔書的重要理由。
聯軍佔領大沽砲台
還有一點就是，外國公使反對慈禧廢立計劃，也讓慈禧憋著一口烏氣。1900年初，慈禧打算廢黜光緒，擁立端王載漪之子溥儁稱帝。吉日都擇好了，外國公使卻表示反對，慈禧有所忌憚不敢力推，只得作罷，並進一步加深對洋人憤恨。加上，載漪等盲目仇外的王公，在慈禧面前煽風點火，力主對外開戰。載漪編造外國公使要求慈禧歸政光緒，謠言深深刺激慈禧敏感權力神經。聯軍一旦進京，很可能強迫她將大權歸還光緒。慈禧對此深深憂慮，利益攸關，這是慈禧發布宣戰詔書的隱情，也是她反復強調的「得已之苦衷」
慈禧不是糊塗蟲，但是內外形勢發展太快，加上載漪這樣「豬」隊友，讓她很難準確判斷局勢，最終釀成「庚子拳變」。
