清代東陵的防護至關重要，為了保證陵寢重地的安全，清廷採取了一系列嚴密的措施。
清代，東陵陵區內以昌瑞山為界分前圈和後龍兩部分。昌瑞山以北為後龍，山嶺相連，密林覆蓋，為風水禁地。昌瑞山以南為前圈部分，離後妃陵寢均建在前圈。
為了保證前圈部分的絕對安全，在其東、南、西三面築起了圍牆，稱為風水圍牆。圍牆高9尺4寸，厚2尺8寸。東面圍牆北起馬蘭關西城根，與長城相接，往南依次經過二洞、九洞、水洞、福君山至馬蘭峪西城外，往南一直到新城城西，折向西沿昭西陵北面穿過到大紅門，由大紅門向西約6裏處，折向北，由杏花山抵黃花山的葦子峪山口，進入小紅門。整個風水圍牆長約40華里，保衛著前圈的陵寢安全。
為了加強後龍部分的兵力，雍正二年，將馬蘭關由協設為鎮，設總兵官。馬蘭鎮下轄8營，即鎮標左、右兩營、曹家路營、牆子路營、黃花山營、余丁營、遵化營、薊州營，共有大小官弁160員，兵丁2971人。這些軍隊的兵丁均為漢人，稱為綠營兵。馬蘭鎮儲備了數量可觀的各種兵器，其中，刀類6種，2,416把；鳥槍6種，1,529支；箭類3種，4,735支；炮類24種，758門，還有其他大量衣甲、旗纛。開割火道。陵區後龍部分，林草茂密，冬季極易發生火災。康熙二年，在後龍的東、西、北三面開割一條寬30丈、長84裏的火道，火道由正北分水嶺分中，一條斜向東南，至鯰魚關北的鷹窩山止，另一條從分水嶺斜向西南，至昌瑞山西面的關門子止。火道之內，一切樹木、雜草剷除乾淨，每年割一次，從白露節開始，馬蘭關鎮標左右兩營派兵芟割。
雍正元年、十三年、乾隆元年，後龍部分展擴，其火道再向外擴，由陵區東側的靈窩溝起，向北沿大窪、老廠溝、窄道子；向西沿板谷嶺、黑峪關、曹家路、吉家營；折向南沿楊家堡、牆子路、鎮羅關、將軍關、黃崖關、青山嶺止，開割一條寬20丈，長320裏的火道，稱外火道。
嘉慶八年、道光七年，在馬蘭關外，正關城口，西到定陵西行樹止，沿昌瑞山后開割一條長21.5裏的火道。在前圈部分開割兩條火道，一條是乾隆四十六年，天臺山山梁上開割一條火道，寬20丈，長13裏；另一條是同治五年，在定陵西舊火道邊，向西南的牤牛山止，開割出長10裏寬10丈的火道。
豎紅樁、白樁、青樁。
乾隆初年為了豎立標記，防止百姓進入風水禁地內，沿外火道內側，每裏立樁3根，共960根，飾以紅色，稱為紅樁。又沿外火道外界與紅樁相對，豎立白樁960根，這些木樁高8尺，埋深2尺，紅白對應，十分醒目。乾隆中葉，以後在白樁10裏之外，又豎青樁，初設72根，後根據需要陸續增添，至道光二年，共有青樁達1250根。根據《大清律例增修統纂集成》規定，在青樁之內的風水禁地，不許百姓開山、燒炭、取土等，如有違犯，按律懲治。
為了加強陵區的保護，馬蘭關總兵想出各種辦法，充分利用綠營兵的優勢，對禁區加強巡邏。傳籌法，乾隆二十五年施行，辦法是制籌6根，左右兩營各3根，每夜互相傳遞3次。每晚初更，左營派兵2名，執籌1根，從馬蘭關出發，沿風水牆週邊經二道洞、三道洞、府君山、東口門、吉祥口、堂子山、龍王廟、南新城、週邊經楊樹溝、東便門、大紅門、新開口、八道洞、西便門、鷹飛嶺、葦子峪，由汛弁查收，第3根天明送到。同時，右翼從葦子峪開始，沿相反方向傳遞。在後龍部分，也采取了傳籌之法，不過是在白晝巡邏。
分段防守之法。施行於乾隆三十五年，將內火道以南，前圈天臺山以北分為8段，限定界址，分段防護。每段派千把總1員、經制外委1員，督率各汛弁兵，晝夜巡防。這種制度，以後又不斷完善，到清末仍施行。
各陵寢內的設施防護，一律由所署八旗兵負責，綠營兵一般不作安排。
清代東陵的這些防護措施，對於陵寢風水及建築設施的安全，起到了重要作用。雖然也曾發生過一些盜竊事件，但都得到了及時排除或彌補，所以，在清亡前夕，東陵的完整性並未遭到破壞。
