秦滅六國後，並未將郡縣制推廣至所有地方，而是疆域內保留一個小小的、半獨立的衛國。秦始皇為何不滅掉它，流傳下來的有三大原因，最為流行的說法是，秦國因為感激衛國人商鞅、呂不韋的功績，故破例保留他們的祖國。商鞅在秦國推行變法，將一個落後的秦國，塑造成頭號軍事強國；至於呂不韋則有扶立莊襄王、輔佐秦始皇的大功勞，坊間更盛傳呂不韋為嬴政的生父。
秦始皇像
所以，因感念二人的功績而保存衛國，似乎也順理成章。但秦國一向本性殘酷，司馬遷著《史記·屈原賈生列傳》載：「秦，虎狼之國，不可信，不如無行」，更甚的是，商鞅、呂不韋雖然有功於秦國，但最終卻都因罪被殺或自殺，要「感念」兩人則有點矛盾。
也有觀點指，因為衛國多君子之士、世風純正，讓秦始皇不忍心將其吞滅。的而且確，衛國不絕如縷存在了八百多年，期間經歷數次亡國危機也能奇蹟捱過，這也因衛國本身的賢士積極奔走不無關係，《史記·衛康叔世家》也載：「衛多君子，其國無故」。但一考慮到秦國與嬴政的一貫作風，這種觀點也是牽強。
以上的說法有點不切實際，那究竟為何秦國保留衛國？其中能夠推斷原因，主要有以下兩點：首先，衛國早已是秦國的附庸。戰國後期各國爭霸，處在夾縫中的衛國日漸衰弱，到了最後只剩下了濮陽城。公元前254年，魏國憑藉武力殺死衛懷君、扶立元君時，衛國已經失去獨立國家的地位，徹底淪為附庸。13年後，秦國攻取濮陽，再度把衛元君遷到野王城，並置於自己的保護之下。至此，衛國由魏國的附庸，轉變成為秦國的附庸。
換句話說，在秦國未統一江山時，衛國已名存實亡。既然如此，再度吞併行動也許是多餘的了，如果秦國不想保留衛國，只需一紙詔書廢黜衛國國君即可，這也是衛國正式滅亡時，史書用「廢」字，而不是用「滅」字的原因。
另一方面，秦國要保留衛國作為「樣辦」，在形式上宣示對百越地區的統治權。秦始皇要征服的目標，事實上絕不僅限於山東六國，還有百越地區，即是中國南方沿海一帶所有少數民族，這些地區多部族、地域廣，也相對落後，即使派兵征服，也難以有效管治。
所以秦始皇在征服上述地區後，為了有效的控制，採取「間接管治」的方式，將各部族首領都封為「君」，《史記·東越列傳》載：「閩越王無諸及越王海王搖者，其先皆越王句踐之後也，姓鄒氏。秦已並天下，皆廢為君長，以其地為閩中郡」讓他們以附庸的形式，在保持半獨立下效忠於秦，以後才逐漸向郡縣制過渡。所以，為了證明各「君」治下的地區也是帝國疆域，皇帝對「君」有絕對的宗主權，在中原有一敆衛國做「樣辦」，也許是衛國仍被保留的深意。
被秦國當做附庸的衛國，在六國滅亡的大背景下存續了12年，直到秦二世元年（前209年） ，衛國國君才被廢為庶人，立國超過八百年的衛國正式滅亡。
