疫下中港通關無期，海陸跨境運輸幾乎停擺，連逾百年歷史的直通車亦可能「玩完」。廣深港高鐵通車後，搶走直通車部分客源，隨着內地已於東莞市塘廈鎮增建接駁路軌，令高鐵從香港西九龍站開出後，取道新線可直達廣州東站，連通穗港兩地市中心，直通車頓失固有優勢。盛傳港鐵有意短期內解散直通車營運部門；議員亦稱日後香港開往廣州的高鐵，或一班往位於番禺區的廣州南站，另一班往天河區的廣州東站。港府及港鐵回覆時未有否認取消直通車傳聞，僅稱會留意兩地疫情發展，再全盤考慮。
現時直通車有3條路線，分別來往紅磡站至廣州東站、紅磡站至北京西站及紅磡站至上海站，其中廣東綫的廣州東站位於廣州市中心天河區。然而，廣深港高鐵於2018年9月下旬通車，雖則其廣州南站位於廣州市郊的番禺區，鄰近佛山市，乘客要轉乘其他交通工具才可到達廣州市區，但由於高鐵車速較快，仍搶走直通車部分客源。
港鐵網頁顯示，城際客運、輕鐵及巴士載客量由2018年9月約1,900萬人次，持續下跌至前年封關前約1,400萬人次；同期高鐵每月客量則由約36萬人次，增至103萬人次。
交匯處啟用 高鐵有望直達廣州東
不過，內地早年動工興建贛深高鐵，總站分別為江西省贛州市贛州西站及廣東省深圳市深圳北站，並於廣東省東莞市塘廈鎮設站，以及興建「西北雙向聯絡線」連接深圳北至塘廈，再駁入直通車廣東綫的路段。該位於塘廈的交匯處已經啟用，理論上可讓由香港西九龍站開出的高鐵，抵達深圳北後經聯絡線駛入直通車廣東綫的路段，直達以往只有直通車能到達的廣州東站。
傳已停雙層九廣通檢查維修工序
鑑於直通車的功能可被取代，有傳港鐵可能於短期內永久取消直通車服務；更有消息指港鐵近日已暫停雙層九廣通列車的恒常檢查和維修等保養工作，並暫停採購用作維修替換的零件。至於近來傳出短期內會解散直通車客運部門的消息雖然尚未證實，但部分員工在疫情期間已被調往其他部門，種種迹象或反映出港鐵已就停運做準備。消息人士又指，即使直通車永久停運，相信有關員工應會被安排到其他部門，未必會出現大規模解僱。
議員田北辰預計，未來往來中港的跨境列車可在香港西九龍站一併處理，屆時高鐵除了有原定開往廣州南的路線外，隨現正在廣州興建的換線交匯處落成，更會有開往廣州東站的路線。
其他路線人手不足 港鐵：無意裁員
運輸及房屋局回覆查詢時未有正面回應取消直通車的傳聞是否屬實，僅指會繼續密切留意兩地疫情發展，適時就恢復跨境列車服務作全盤考慮。港鐵回覆時亦未有證實有關消息，僅表示城際直通車相關服務安排如有調整會適時公布。
港鐵又指，一直安排直通車員工接受培訓，以及調配到其他崗位繼續工作，包括其他車站、羅湖編組站及參與東鐵綫過海段的準備工作等；由於近期本地鐵路線及其他部門需增聘人手或填補空缺，故希望藉此機會協助有意尋求其他事業發展的員工尋找合適的工作崗位，並非裁員或削減人手，過去亦曾為有意轉往其他工作崗位的跨境服務員作類似安排。
港鐵城際直通車前身為九廣鐵路，於1911年全段通車，供市民從九龍直達廣州，但完工後僅5日便爆發辛亥革命，及後再受抗日戰爭等事件影響，服務一度長時間中斷，直至1979年才恢復正常運作。
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